Máy Tính Khối Lượng Phân Tử Protein

Danh mục: Sinh học
- Tháng 5 11, 2025
| |
0
Hợp lệ

Khối lượng phân tử của một protein được tính bằng tổng khối lượng đồng vị trung bình của các dư amino acid của nó:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]

Trong đó:

  • \(n_i\) = Số lượng mỗi amino acid trong chuỗi
  • \(MW_i\) = Khối lượng phân tử của mỗi amino acid
  • \(n_{peptide}\) = Tổng số liên kết peptide
  • \(MW_{H_2O}\) = Khối lượng phân tử của một phân tử nước (18.02 Da)

Máy Tính Khối Lượng Phân Tử Protein là gì?

Máy Tính Khối Lượng Phân Tử Protein giúp xác định khối lượng phân tử của một protein dựa trên chuỗi hoặc thành phần amino acid của nó. Nó cũng tính toán các thuộc tính bổ sung như điểm đẳng điện lý thuyết (pI), hệ số hấp thụ, độ kỵ nước (điểm GRAVY), và điện tích ròng ở pH 7.

Cách Sử Dụng Máy Tính

Máy tính cung cấp nhiều cách để nhập dữ liệu protein:

  • Phương Pháp Chuỗi: Nhập chuỗi protein bằng cách sử dụng mã một chữ cái cho các amino acid.
  • Phương Pháp Thành Phần: Nhập thủ công số lượng của mỗi amino acid.
  • Tùy Chọn Nâng Cao: Áp dụng các sửa đổi như acetyl hóa, liên kết disulfide, hoặc sửa đổi đầu cuối.

Tính Năng Chính

  • Tính toán khối lượng phân tử cả trong Dalton (Da) và kilodalton (kDa).
  • Xác định pI lý thuyết dựa trên giá trị pKa của amino acid.
  • Tính toán hệ số hấp thụ cho độ hấp thụ UV ở 280 nm.
  • Ước lượng độ kỵ nước bằng cách sử dụng điểm GRAVY.
  • Tính đến các sửa đổi tùy chỉnh như phosphoryl hóa, methyl hóa, và amid hóa.

Tại Sao Khối Lượng Phân Tử Protein Quan Trọng?

Biết khối lượng phân tử của một protein là rất quan trọng cho:

  • Phân tích điện di (SDS-PAGE, Western blotting).
  • Xác định bằng khối phổ.
  • Tinh chế protein và sắc ký.
  • Nghiên cứu cấu trúc và chức năng.

Các Câu Hỏi Thường Gặp

Điểm pI lý thuyết được tính như thế nào?

Điểm đẳng điện (pI) là pH mà tại đó protein không có điện tích ròng. Nó được tính bằng cách sử dụng phương trình Henderson-Hasselbalch:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Hệ số hấp thụ là gì?

Hệ số hấp thụ được tính bằng cách sử dụng số lượng các dư tryptophan (W), tyrosine (Y), và cystine (C):

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Máy tính xử lý các sửa đổi như thế nào?

Máy tính cho phép bạn áp dụng nhiều sửa đổi sau dịch mã, được thêm vào hoặc trừ đi từ khối lượng phân tử của protein.

Điểm GRAVY là gì?

Điểm Trung Bình Độ Kỵ Nước (GRAVY) là một thước đo độ kỵ nước của protein. Nó được tính như sau:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]

Tại sao phân tử nước được đưa vào tính toán?

Mỗi lần hình thành liên kết peptide dẫn đến việc mất một phân tử nước, vì vậy khối lượng tổng cộng được điều chỉnh tương ứng.

Kết Luận

Máy Tính Khối Lượng Phân Tử Protein là một công cụ quý giá cho các nhà nghiên cứu và sinh viên trong lĩnh vực hóa sinh và sinh học phân tử. Dù là phân tích cấu trúc protein, thực hiện thí nghiệm, hay diễn giải kết quả, công cụ này cung cấp các thuộc tính phân tử cần thiết một cách nhanh chóng và chính xác.